印巴两国分歧和冲突的核心问题，即为克什米尔问题，半个多世纪以来，两国曾因为争夺该地区的主权发起过三次印巴战争，并产生了不计其数的大大小小的冲突。巴基斯坦是印度在南亚最主要的战略对手，两个拥核国家多年来的对抗态势为南亚地区的安全局势增添了不稳定因子。两国领导人和官员为改善双边关系，长期在不同层面进行过多种形式的对话与谈判，但都未能取得明显进展。进入新世纪以来，两国关系的发展以及和平谈判的进程依然曲折艰辛。

2000年4月18日，巴基斯坦穆沙拉夫总统应辛格总理邀请访问印度，并与印方发表联合声明，强调印巴和平进程“不可逆转”。自2003年11月达成全面停火协议后，印巴两国在双方边界、克什米尔“实际控制线”、锡亚琴的“实际地面接触线”上基本遵守“停火协议”此后几年来，虽然印巴两国均发生了多起包括孟买恐怖袭击事件在内的重大恐怖袭击事件，全面对话进程多次被迫中断，但都是不久就得以恢复。2009年7月双方签署的《沙姆沙伊赫联合公报》表明，两国仍将坚持通过对话解决分歧、逐步增加互信这一原则，不断推动双边关系的改善和发展。2011年3月30日，印度总理辛格与到访的巴基斯坦总理吉拉尼在莫哈里共同观看板球世界杯半决赛，并进行非正式会谈，再次表示要逐步解决两国间存在的问题，继续推进已经重新升温的和平对话过程。

从印度2014、2015、2016三份年度国防报告中可以看出，尽管近年来两国在克什米尔地区的冲突对抗有所缓解，但是在反恐问题上的分歧依然为两国关系的缓和制造了障碍。三份报告在进行周边地区安全环境研判时主要就反恐问题指责巴基斯坦，印度在《年度国防报告2014—2015》中谴责巴基斯坦为驻地在其西北边境地区的极端组织提供庇护，支持阿富汗塔利班活动，认为巴军方已经将利用恐怖主义作为一种国家政策，其反恐行动具有“双重标准”,同时暗指巴基斯坦利用极端组织和网络宣传对印度进行颠覆政权、传播极端思想的行为。印度在《年度国防报告2015—2016》中指出，“巴基斯坦-阿富汗交界地区始终是对印度造成威胁的恐怖组织策源地，同时由某些邻邦主导针对印度带有跨国民族主义性质的恐怖活动仍然是印度国家安全的威胁。”在《年度国防报告2016—2017》中，印度指责巴基斯坦提升其核武力量的行为，批评巴军方不对巴基斯坦境内的极端组织采取行动，反而对这些针对印度的极端组织提供支持。

综上观之，克什米尔问题是影响印巴关系的核心问题，反恐问题也是两国关系间不可忽略的要素，两国历史上的民族教派积怨同样阻碍着双边关系的发展与和平谈判的进程，只有通过对话解决分歧、逐步增加互信才是弥合矛盾芥蒂的必由之路。2018年印巴再次达成遵守2003年停火协议的共识，无疑是一个积极信号。