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1646年，南明弘光和隆武政权相继灭亡，桂王朱由榔随之在广东肇庆登基，改元永历，后来在大西军首领李定国的支持下，移至昆明。1659年，清军攻陷昆明，永历帝再次败逃，这一跑就跑到了缅甸。

朱由榔（1623年—1662年），南明皇帝，在位16年，是明神宗的孙子，明熹宗，思宗，安宗的堂弟。父桂王朱常瀛，是明神宗第七子，封湖南衡阳，天启七年九月二十六日就藩，弘光元年十一月初四日病死于梧州。第三子安仁王朱由爱（左木右爱）承嗣。隆武称帝后，病重，不久由榔被封桂王。隆武被俘后，于当年十月初十日（一说十四日）称监国于肇庆。他于1646年在广州做了皇帝，年号永历，史称永历帝。1661年，清军攻入云南，永历政权灭亡。永历帝被清军逼到缅甸，逃到缅甸首都曼德勒，被缅甸王收留。后来明朝降将吴三桂攻入缅甸，他被俘。于1662年1月在昆明被绞死。终年40岁。死后庙号昭宗，谥号匡皇帝。清乾隆年间天地会私谥出皇帝。

仓皇入缅遭缴械

选择逃亡缅甸，永历帝的权臣马吉翔起了重大作用。马吉翔靠偷奸取巧、拍马奉迎赢得了李定国欢心。昆明陷落前，朝臣大多主张迁往四川，永历帝也赞同这一主张，但马吉翔认为一旦入川，李定国将被袁宗第、郝永忠等大顺军将领分权。故而联合李定国亲信劝说李定国西撤，致使永历帝不得不向中缅边境撤退。马吉翔认为只要进入缅甸国境就可以保住身家性命，不惜趁夜鼓动士兵判乱，逼永历帝入缅。在马吉翔鼓动下，当晚，在夜色笼罩之下乱兵大肆掳掠，永历帝受此惊吓，急忙渡过曩本河，到达缅关。守关士兵得知有近两千人马随永历帝避难缅甸，便要求放下兵器后才允许入关，永历帝同意，便这样轻易地被缅人解除了武装。

永历帝及其随从历尽艰辛抵达缅甸都城阿瓦后，便立即派人前往缅都与缅王接洽。但是缅王拒绝接见流亡朝廷的使者，只派汉人从中传达信息。后来，为了便于监视永历帝及其随从，缅王令人在阿瓦城隔河对岸用竹子围造了一座城，让永历君臣居住。

寄人篱下遭咒水之难

暂时有了安身之地，永历君臣开始了寄人篱下的生活。然而习惯了纸醉金迷的南明朝臣不几日便故态复萌，不图进取，苟且偷安。当时缅民到永历君臣住地进行贸易，不少南明官员与缅妇调笑谐谑，遭到一些缅人的鄙夷，说朝廷的大臣都这个德行，天朝也是气数将近了。随永历帝入缅的朝臣一味享乐，毫无共赴国难之心，永历朝廷由此愈发窘困，灭亡已是迟早的事了。

顺治十八年（1661）五月二十三日，缅王的弟弟莽白发动宫廷政变，处死缅王自立。新王派使者向永历帝索取贺礼，此时的永历帝已拿不出像样的东西，遂以其事不正为由不送贺礼，因而激怒了莽白。

莽白决定铲除永历随行官员，派人通知永历朝臣过江议事。鉴于双方关系紧张，南明文武官员心怀疑惧都不敢前往。缅王又遣人来说，此去只是缅王邀请群臣饮咒水盟誓，以增强双方的信任，否则关系断绝，永历君臣处境将更为艰难。在缅方坚持下，马吉翔提出要由黔国公沐天波一同前往方可。沐氏世代镇守云南，是明朝西南边境各邦国较为重视的人物，马吉翔认为有沐天波在场，不会发生意外。

次日，马吉翔及其他大小官员参加饮咒水盟誓。文武官员一到达盟誓地点就遭到缅兵攻击，被骗来饮咒水的官员全部遇难，自以为入缅便可保安全的马吉翔也丢了性命。

缅军随即突入永历君臣住所，把永历帝、太后、皇后、太子等25人集中于一所小屋内。永历帝的刘、杨二贵人，吉王与妃妾等百余人大都自缢而死。为防永历帝自尽，缅王又遣人前来抚慰，送来一些生活用品，幸存人员方得苟延残喘。咒水之难后，永历帝真正成了孤家寡人，永历朝廷实际已不存在。

孤家寡人仍难逃一死

永历帝留在缅甸，终究是一个祸患。1660年，吴三桂几次上疏清廷，力主入缅进讨，清廷采纳了吴三桂的意见，派出八旗兵由北京前往云南，会同吴三桂一起进兵缅甸，捉拿永历帝。

随着清政权的逐步稳固，缅甸政府也不愿为收留南明流亡政权而得罪中国的实际统治者。李定国等明朝将领为迎回永历帝一再与缅方兵戎相见，清军又将入境进讨，使得缅甸政府不得不为本国的安全考虑。顺治十八年（1661）正月初六，缅王派使者到云南，提出以交出永历帝为条件请清军合攻李定国。吴三桂立刻答应了缅方的请求。咒水之难后，新缅王实际上把永历帝当作与清廷讨价还价的筹码。

顺治十八年（1661）八月二十四日，吴三桂率兵由昆明分两路西进。不久，清军迫近缅都，缅王派人将永历帝及其随从移交给清军。吴三桂随即撤出缅境。

康熙元年（1662）三月，永历帝及其眷属被押回云南昆明。吴三桂认为若押解回北京，路途十分遥远，担心发生意外，建议就地处决，清廷准奏。四月，永历帝被处死。南明永历朝廷至此烟消云散。